北海道新幹線の新函館北斗札幌間が開業すると、並行在来線である函館本線の函館小樽間が経営分離されることになっている。今までは並行在来線はすべて第三セクター化されたが、北海道は流石に人口が少なすぎて大量輸送機関である鉄道を維持する動機が無いとのことで、地元自治体が引き取ってくれないようである。長万部小樽間は貨物輸送にとって重要でないので地元の人が決めればよいだろうが、五稜郭長万部間は本州と北海道とを結ぶ鉄道貨物の大動脈なので、地元が引き取ってくれないからといって鉄道路線そのものを廃止にするわけにはいかない。
となると、この区間の線路を切実に必要しているJR貨物が自ら線路を保有せざるを得ないのではないか。そもそもJR貨物が線路を保有していないのは、国鉄分割民営化の際に旅客会社が分割された一方で、JR貨物は全国エリアで営業するため、分割された旅客会社が線路を保有することになったためである。これにはメリットもあって、例えばJR東日本は東京近郊の貨物線も保有しているので、貨物線に旅客列車を走らせることで保有資産を有効活用できた。
国鉄分割民営化当時は整備新幹線による経営分離スキームもまだなく、まさか旅客会社が線路を放棄するなど想定されていなかった。しかし現に旅客営業されない線路が発生してしまう以上、そこは旅客会社が線路を保有することにこだわっている場合ではない。
JR貨物はJR旅客会社の線路を借りて営業する場合には、比較的割安な線路使用料を払うだけで済んでいるが、経営分離された第三セクターに対しては、経営支援の目的もあり、JR旅客会社に対してよりも手厚い線路使用料を払っており、それが第三セクターの主要な収益源になっている。となればどのみちJR貨物は線路を維持するための費用の大半を負担しているのだから、必要に応じて自ら線路を保有するようになってもあまり変わらないのではないか。もちろん、線路の保守や除雪を自前で行う要員はいないだろうが、実費プラスアルファくらいの対価を支払ってJR北海道に委託することも考えられる。上下分離で道を中心とした第三セクターが線路だけを保有することも考えられるが、どのみちJR貨物は線路を維持するためのコストを何らの形で負担せざるを得ないのだから、効率的な形態を選べば良い。
問題は、貨物営業の無い函館五稜郭間の扱いである。函館本線経営分離後には道南いさりび鉄道の列車しか走らなくなるので、道南いさりび鉄道に移管するのがよいのではないか。五稜郭新函館北斗間の扱いはどうするのだろうか。道南いさりび鉄道がこの区間を引き取らないならば、線路の保有者はJR貨物となる。どうせ線路があるなら道南いさりび鉄道が最低限の実費だけを支払ってJR貨物から線路を借りて第二種鉄道事業者として旅客営業してもよいのではないか。